醉鱼草苷通过靶向 AMPK-TFEB 信号通路缓解非酒精性脂肪性肝炎
bud-AMPK 的 β 亚基（PRKAB1）-磷酸化 MTORC1 的调控亚基 RPTOR（Ser792 位点），抑制 MTORC1 活性-MTORC1 是转录因子 EB（TFEB）的主要负调控因子，其活性受抑可减少 TFEB（Ser211 位点）磷酸化，促进 TFEB 核转位，进而激活自噬 - 溶酶体通路（ALP）。对吧
摘要
介绍
方法
Alphafold可以进行结合预测，尤其是在预测生物分子间相互作用方面取得了显著进展，不过其性能在不同场景下存在差异。 1. 蛋白 - 小分子配体结合预测：Alphafold3能够预测小分子配体与蛋白的结合情况，但在小分子配体定位方面存在显著不稳定性，配体重原子RMSD平均高达4.28 ± 5.77 Å，在面对新型配体和别构调节剂时表现更差。在预测数据库中已有同类复合物时表现相对较好，面对新型化合物或未被充分表征的结合模式时预测准确性大幅下降 。 2. 蛋白质 - 蛋白质结合预测：通过引入扩散模型和新的置信度指标，Alphafold在蛋白质-蛋白质相互作用预测方面有所提升，能预测蛋白质复合物结构 。如使用AlphaFold预测受体与两个肽存在时的结构，可通过竞争结合实验预测肽的结合亲和力排序 。 3. 蛋白质 - 核酸结合预测：可以对蛋白质与核酸形成的复合物进行结构预测，且在预测蛋白质 - 核酸复合物方面比RoseTTAFold2NA更准确 。 4. 抗体 - 抗原结合预测：在抗体 - 抗原预测准确性方面表现较为突出，能更好地处理抗体（本质也是蛋白）的抗原结合位点预测，其新增的图注意力机制能更好处理CDR环区的高变异性这类柔性结构 。
问题：这篇文章用什么方法进行AMPK和Buddleoside的分子对接模拟？
答案：借助已知的 AMPK 晶体结构（PDB: 5ISO），使用 AutoDock Vina 软件进行分子对接计算，再利用 Gaussian 09 和 AmberTools20 软件对 Bud 的结构和分子力学参数进行优化。通过 400-ns 标准分子动力学模拟，发现 Bud 与 PRKAB1 亚基的 Val81、Arg83、Ser108、His109、Phe112 和 Val113 等六个氨基酸残基形成相互作用，初步预测了作用位点 。